百邁客生信專用服務器可以提供從工作站到機架式服務器的各種硬件配置，且可以根據(jù)您的計算類型，合理配置CPU數(shù)目和內(nèi)存大小，實現(xiàn)硬件資源的最優(yōu)組合。
百邁客生信專用服務器系統(tǒng)的優(yōu)勢
1、硬件：根據(jù)用戶的計算需求，我們可以提供從工作站到機架式服務器的各種硬件配置，且可以根據(jù)您的計算類型，合理配置CPU數(shù)目和內(nèi)存大小，實現(xiàn)硬件資源的最優(yōu)組合。
2、軟件：在基礎版中，根據(jù)用戶需求我們安裝了常用生信軟件；進階版中，我們將常用軟件封裝、串聯(lián)成分析模塊，通過單行命令即可完成很多常規(guī)分析內(nèi)容，如基因表達量計算、突變檢測、基因功能注釋等，讓用戶開機即可開始生信數(shù)據(jù)的分析。
基礎版最低配置方案
| 組成單元 | 配置內(nèi)容 | 單位 | 數(shù)量 |
| 塔式服務器 | |||
| 塔式服務器
（16核，64G內(nèi)存，16T存儲） |
T640塔式服務器具體配置如下：
–?2個因特爾至強?銀牌4110?CPU（8核/16線程,?2.1GHz,?9.6GT/s,?11MB?Cache） –?4根16GB?DDR4-2666MT/s服務器內(nèi)存 –?2塊600GB?10K?SAS?12Gbps?2.5英寸硬盤 –?4塊4T?7.2K?12Gbps?3.5英寸硬盤 –?PERC?H730P?RAID控制器?2GB?緩存 –?2個10Gb?網(wǎng)口 –?2個750W服務器電源 –?3年4小時上門服務（7*24*4） |
臺 | 1 |
| 顯示器 | |||
| 顯示器 | DELL?U2417H?23.8英寸顯示器 | 臺 | 0 |
| 集群系統(tǒng)軟件 | |||
| 操作系統(tǒng) | CentOS?Linux | 套 | 1 |
| 編譯開發(fā)環(huán)境 | GNU?C/C++編譯器 | ||
| GNU?Fortran77/90編譯器 | |||
| GNU?Debugger | |||
| 并行環(huán)境 | OpenMPI | ||
| 生物信息常用軟件 | 20款生信軟件部署，支持用戶指定 | 套 | 1 |
| 生物信息常用數(shù)據(jù)庫 | 10個免費數(shù)據(jù)庫的下載及部署，支持用戶指定 | 套 | 1 |
| 維護 | |||
| 1年維護服務 | 包括每年2次系統(tǒng)巡檢，系統(tǒng)故障處理（工作日4小時響應） | 1 | |
| 總計 | |||
注：硬件價格變化快，以最終簽訂合同時為準
進階版最低配置方案
| 組成單元 | 配置內(nèi)容 | 單位 | 數(shù)量 |
| 塔式服務器 | |||
| 塔式服務器 （16核，64G內(nèi)存，16T存儲） |
T640塔式服務器 具體配置如下： –?2個因特爾至強?銀牌4110?CPU（8核/16線程,?2.1GHz,?9.6GT/s,?11MB?Cache） –?4根16GB?DDR4-2666MT/s服務器內(nèi)存 –?2塊600GB?10K?SAS?12Gbps?2.5英寸硬盤 –?4塊4T?7.2K?12Gbps?3.5英寸硬盤 –?PERC?H730P?RAID控制器?2GB?緩存 –?2個10Gb?網(wǎng)口 –?2個750W服務器電源 –?3年4小時上門服務（7*24*4） |
臺 | 1 |
| 顯示器 | |||
| 顯示器 | DELL?U2417H?23.8英寸顯示器 | 臺 | 0 |
| 集群系統(tǒng)軟件 | |||
| 操作系統(tǒng) | CentOS?Linux | 套 | 1 |
| 編譯開發(fā)環(huán)境 | GNU?C/C++編譯器 | ||
| GNU?Fortran77/90編譯器 | |||
| GNU?Debugger | |||
| 并行環(huán)境 | OpenMPI | ||
| 生物信息常用軟件及分析模塊 | 轉(zhuǎn)錄調(diào)控工具包，26款；20款生信軟件部署，支持用戶指定 | 套 | 1 |
| 生物信息常用數(shù)據(jù)庫 | 10個免費數(shù)據(jù)庫的下載及部署，支持用戶指定 | 套 | 1 |
| 維護 | |||
| 1年維護服務 | 包括每年2次系統(tǒng)巡檢，系統(tǒng)故障處理（工作日4小時響應） | 1 | |
| 總計 | |||
注：硬件價格變化快，以最終簽訂合同時為準
可部署常用生信軟件
| 軟件類型 | 軟件名稱 |
| 基因組組裝相關(guān)軟件 |
abyss、ALLpath、Canu、dbg2olc、ECTools、falcon、HGAP、IDBA、intemap、Jabba、LoRDEC、MECAT 、PBSuite、pilon、Proovread、SOAPdenovo、Spades、trinity、velvet等 |
| 基因組分析相關(guān) |
AUGUSTUS、Circos、CRT、DIAMOND、EVM、Exonerate、GeMoMa、genBlastA、GENSCAN、GLEAN 、GlimmerHMM、GMAP、infernal、islandpath_dimob、Kraken、MEGAN、metaAnnotator、metaphlan、 PASA、phispy、prodigal、prokka、RepeatMasker、TransDecoder、TransGeneScan、tRNAscan、tRNAscan-SE等 |
| 比較基因組軟件 | Orthmcl、Muscle、PAML、phyml、MCScanX、nucmer、HGT_Finder、Mugsy、picrust等 |
| 注釋相關(guān)軟件 | blast2go、DIAMOND、InterProScan、kohgpi、Kraken、MEGAN、metaAnnotator、metaphlan等 |
| 比對軟件 |
Blast、hmmer、blasr、bwa、daligner、Bowtie2、Blat、MECAT、genBlastA、bowtie2、GMAP、bwa 、tophat、hisat、bismark、ssearch36等 |
| 系統(tǒng)發(fā)育樹軟件 | MEGA、Phyml、RAxML、Exabayes、Mrbayes、figtree、splitstree、Phylip等 |
| 分化時間分析 | Paml、Beast2等 |
| 群體歷史動態(tài)分析 | psmc、msmc等 |
| 基因流分析 | Treemix、ANGSD、G-PhoCS、Migrate-N等 |
| 高離散SNP篩選 | BayeScan、LFMM、bayenv2等 |
| 選擇清除分析 | XP-CLR、XP-EHH、vcftools、PopGenome等 |
| LD分析 | Haploview、Plink等 |
| ka/ks分析 | Yn00、codeml等 |
| 分子方差分析 | Arlequin、poppr等 |
| 全基因組關(guān)聯(lián)分析 | plink2、Haploview、Admixture、EIGENSOFT、tassel、emmax、Fast-LMM等 |
| QTL定位軟件 | R/qtl、QTL?Cartographer等 |
| 遺傳圖譜排圖軟件 | MSTmap、Onemap等 |
| 共表達分析 | WGCNA等 |
| 轉(zhuǎn)錄組組裝 | trinity2.4.0、cufflinks、stringtie等 |
| 基因表達定量 | rsem、miRDeep2、stringtie、cufflinks等 |
| 基因表達差異分析 | DESeq、EBSeq、edgeR、MOABS等 |
| 富集分析 | topGO等 |
| 蛋白互作 | blast等 |
| 靶基因預測 | RNAhybrid、miranda、targetfinder、LncTar等 |
| 聚類去冗余 | cd-hit、tgicl等 |
| 轉(zhuǎn)錄因子預測 | iTAK等 |
| circRNA預測 | CIRI、find_circ、CIRCexplorer等 |
| lncRNA預測 | CPC、CNCI、CPAT等 |
| SNP分析 | star、GATK、Samtools等 |
| CDS預測、SSR分析 | transdecoder、MISA等 |
| APA分析 | TAPIS等 |
| 其它軟件 |
fastx_toolkit、flash、HiC-Pro、LACHESIS、lefse、MCScanX、MEGA、mothur、python、qiime、 R、samtools、sortmerna、stamp、trimmomatic、uclust、usearch等 |
注：硬件價格變化快，以最終簽訂合同時為準
可部署生信分析模塊
| 轉(zhuǎn)錄調(diào)控工具包 （26款） |
有參轉(zhuǎn)錄組分析流程 | 遺傳進化工具包， （20款） |
全基因組重測序分析流程 | 基礎工具包（22款） | Circos繪制 |
| lncRNA分類及對應基因注釋 | 外顯子分析流程 | 單因素曼哈頓圖 | |||
| miRNA基因家族分類 | Annovar變異注釋 | 繪制GO、KEGG分類富集圖 | |||
| CPC編碼能力預測 | BreakDancer?SV檢測 | 繪制差異基因MA圖 | |||
| topGO基因功能注釋 | CNVnator?CNV檢測 | 繪制差異基因火山圖 | |||
| 差異表達基因分析 | GATK突變檢測 | 聚類熱圖繪制 | |||
| 蛋白基因家族分類 | SNP位點引物設計 | BLAST | |||
| 共表達模式聚類分析 | 貝葉斯方法構(gòu)建進化樹 | SAM/BAM互換 | |||
| 基因功能注釋 | 蛋白序列同源分析工具 | 短序列比對工具bwa | |||
| 加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡分析 | 分化時間計算 | 根據(jù)ID列表提取fasta序列 | |||
| 保守序列預測 | 關(guān)聯(lián)區(qū)域分析 | 提取位點上下游定長序列 | |||
| 簡單重復序列分析 | 混池群體Fst分析 | PCA分析 | |||
| 外顯子與內(nèi)含子預測工具 | 基于admixture進行群體結(jié)構(gòu)分析 | 相關(guān)性分析 | |||
| 信號肽預測 | MEGA | FastQC | |||
| 轉(zhuǎn)錄因子注釋工具 | 遺傳共線性分析 | 數(shù)據(jù)預處理工具 | |||
| …… | …… | …… |
注：硬件價格變化快，以最終簽訂合同時為準
產(chǎn)品購買與部署
沒有定制化開發(fā)，用戶確定產(chǎn)品功能且硬件完成部署后，一個月內(nèi)完成軟件部署和測試，并交付使用
如有定制化開發(fā)需求，根據(jù)具體需求確定周期
